Кинофестиваль как часть общей программы «Шукшинских дней на Алтае» проходит с 1999 года. Традиционно кинофестиваль открывается в Барнауле, а завершается на родине Шукшина в селе Сростки. В мероприятии принимают участие как известные фильмы именитых режиссёров, так и малоизвестные картины, отличающиеся неординарностью творческого замысла, посвящённые духовным поискам русского человека. В жюри входят режиссёры, операторы, киноведы, члены Союза кинематографистов России. Программа кинофестиваля включает основной конкурс — полнометражное игровое кино, конкурс короткометражного игрового кино, внеконкурсные показы и ретроспективный показ российских фильмов, презентации кинопроектов, мастер-классы и творческие встречи гостей и авторов со зрителями.

С 2007 года Шукшинский кинофестиваль получил статус всероссийского. В 2008 году фестиваль обрёл лозунг — «Нравственность есть Правда». С 2013 года в конкурсной программе, помимо российских, участвуют также фильмы режиссёров ближнего зарубежья, также впервые прошли показы документального и студенческого кино, для которых в 2014 году появилась отдельная конкурсная программа. Гости фестиваля отмечали, что для начинающих режиссёров Шукшинский кинофестиваль — хорошая путёвка в жизнь, и проходящие в рамках фестиваля показы, питчинги, встречи «дают возможность молодым кинематографистам расти, развиваться и создавать кино».

С 2007 года главным призом Шукшинского фестиваля является уменьшенная копия знаменитой «Царицы ваз», хранящейся в Эрмитаже, работы Колыванского камнерезного завода.